En noviembre de 1990 el desarrollo del 32º Congreso del PSOE lo marcó la frase que alguien le dijo a Felipe Gonzalez, «tienes que acabar con Alfonso porque, si no lo haces, él acabará contigo».
En un momento en el que se estaban ganando las elecciones con mayorías absolutas, la pugna por el control del partido entre los Gerristas y los Felipistas (que se estaba intentando disimular) dejó de ser un rumor y pasó a ser una realidad. Fue un congreso frustrante para unos y amargo para otros; afloraron las grietas dentro del partido generadas por la tensión existente entre los aperturistas, defensores de las tesis neoliberales de Carlos Solchaga, y los guerristas salpicados por el caso Juan Guerra, que termino por resquebrajar la amistad entre Alfonso Guerra y Felipe Gonzalez.
En este congreso, una vez más, se produce otro desencuentro (esta vez es entre renovadores y guerristas) y el divorcio dramático de Alfonso Guerra y Felipe González.
Primero porque Felipe Gonzalez dejo claro que:
«Se gobierna desde Moncloa, no desde Ferraz» y «hay que renovarse para no morir de éxito»
y después Carlos Solchaga apuntilló:
«Alfonso Guerra y el aparato han ganado el Congreso. Yo soy de los que lo han perdido, pero en cambio nuestras ideas han triunfado».
Eso fue lo que realmente pasó. Alfonso Guerra consiguió que ni uno sólo de los aperturistas destacados lograra entrar en la Ejecutiva, que estaba controlada férreamente por el guerrismo. Había ganado aquella batalla pero no la guerra y estaba herido de muerte. Felipe González apostaba firmemente por las políticas del sector neoliberal, con Carlos Solchaga a la cabeza, la batalla contra Alfonso Guerra y el guerrismo se abrió en todos sus frentes y se convirtió en un objetivo esencial. En enero del año siguiente dimite como Vicepresidente del Gobierno (oficialmente se dijo que por el escándalo en que estuvo involucrado su hermano por tráfico de influencias).
Pero el siguiente Congreso, el 33º y con el lema Un nuevo impulso del socialismo, certificó el triunfo de las tesis renovadoras que cerraron filas en torno a la figura de Felipe González, mientras los guerristas, que representaban la minoría en la nueva ejecutiva, consiguieron conservar el cargo de vicesecretario general del partido. Las cosas no sucedieron exactamente como los renovadores deseaban. La dimisión a tiempo de Guerra como Vicepresidente del Gobierno le había permitido, a él y los suyos, sobrevivir al ataque.
«Todo ha salido muy bien, como yo creía que era necesario»
manifestó Alfonso Guerra finalizado este congreso en el que los renovadores se habían propuesto acabar con la corriente liderada por él y negarle cualquier puesto en la Comisión Ejecutiva. Por contra, las continuas acusaciones, denuncias y escándalos de corrupción (que dañaron el prestigio del Gobierno y fueron sepultando poco a poco al partido) y la pérdida de la mayoría absoluta en las elecciones anticipadas a junio de 1993, harán que ese Congreso sea el último que clausurara Felipe Gonzalez como Secretario General del PSOE.
«Debéis saber aquí, donde corresponde decirlo, que no seré candidato a la Secretaría General».
Era junio de 1997 en el 34º congreso, el de La respuesta progresista, cuando Felipe Gonzalez ante la sorpresa de los asistentes anuncia el primer día que no optará a la reelección. Nadie lo había previsto, nada estaba preparado y no había alternativa. Hay que buscar un sucesor a toda prisa y Joaquín Almunia asume el cargo.
Sin embargo los asistentes a ese 34º Congreso no fuero a eso, iban a aprobar la desaparición del cargo de Vicesecretario para poder desalojar a Alfonso Guerra de de la estructura orgánica del partido y expulsarlo a las tinieblas, cosa que consiguieron.
Alfonso Guerra (que había sido el referente ideológico del partido, el encargado de mantener organizado su engranaje interno y coordinador de todas las campañas electorales ganadas por mayoría absoluta) alejado de la nueva ejecutiva aceptó la presidencia de la Fundación 'Pablo Iglesias'. Es autor de poemas y artículos, así como numerosas obras políticas entre las que se destacan Perspectivas de una España Democrática, El futuro del socialismo, El nuevo compromiso europeo, La democracia herida o Socialismo y cultura. Comprometido con el humanismo ha sido reconocido con numerosos galardones, entre los que destacan, la medalla de oro de la Universidad de Roma (1984) y el doctorado "honoris causa" por la Universidad Federico Villarreal de Lima (1988).